基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。基因石能量不但引出东山再起的虫族，浩肯星人也来到地球抢夺基因石能量。虫兽吸收基因石能量，变得更难对付：独角仙兽吸取金属能量，原本坚硬的外壳变得更加无坚不摧；蜻蜓兽吸收高压电能量，成为能放电攻击的雷霆蜻蜓。加上浩肯星方面火力强大，让变形联盟陷入苦战。